NII FileSenderでは，大規模なシステムアップデート（バージョン2.xからバージョン3.xへの移行）が予定されています. このバージョン3.xのシステムは現行のバージョン2.xとは全く別で構築/運用されており，バージョン2.xとバージョン3.xとの間で, ファイルのやり取りをすることはできません.
移行にあたって，2026年12月1日よりバージョン2.xへの新たなアップロードができなくなります. また，従来のNII FileSenderのURL(https://filesender.nii.ac.jp/)にアクセスした場合は，新しいバージョン3.xのURL(https://filesender.nii.ac.jp/3/)にリダイレクトされるようになります.
アップロードしたファイルの有効期限は最長で20日間なので，移行開始日の20日前である2026年11月11日以降に，NII FileSenderを利用してファイルを転送したり，受信用のフォルダーを作成する場合は，バージョン3.xを利用してください. バージョン3.xは，新しいバージョン3.x系のURLへアクセスすることで利用できます.
なお，2026年12月31日以降はバージョン2.xのシステムの提供が終了し，アクセスができなくなります.
詳しい変更点については，公式ページを参照してください.